不少人習慣將牙刷插在牙刷架或漱口杯中晾乾，但日本一名牙醫指出，直立擺放牙刷，容易讓水分殘留在刷毛根部，使刷毛長期處在潮濕環境滋生細菌，甚至可能讓牙刷變得像「馬桶刷」一樣髒。建議使用後先甩乾水分，再將刷毛朝下平放晾乾。
日本一間牙醫診所院長宮本日出指出，口腔內的牙菌斑密度極高，每1公克約含有1000億個細菌，「密度幾乎與糞便相同」，而日常使用的牙刷上，其實也附著大量口腔細菌。
人體口腔中約有700種細菌，包括牙周病菌、大腸桿菌、肺炎鏈球菌等。若本身感染疾病，如流感或一般感冒，牙刷上也可能殘留少許病毒，進而增加交叉感染的風險。
牙刷若清潔或保存不當，恐和馬桶刷一樣髒。許多人習慣將牙刷直立擺放晾乾，例如插在牙刷架或漱口杯中，但其實不太理想，因為牙刷直立時，水分易殘留在刷毛根部，使該處長時間處於潮濕狀態，進而滋生細菌。建議使用後先將牙刷甩乾水分，並採刷毛朝下的方式平放晾乾。
細菌偏好潮濕環境，當廁所洗手台的鏡子出現起霧現象時，代表浴室濕氣偏高。若將牙刷長時間放置在這樣的環境中，刷頭與刷毛根部容易累積水氣，增加細菌滋生的風險，進而影響口腔健康。
洗澡後應持續開啟排風扇至少2至4小時，以排除濕氣、保持環境乾燥；若無排風設備，則應打開門窗，維持2至3小時的空氣流通，以達到乾燥效果，降低牙刷長時間處於潮濕環境、滋生細菌的機會。此外，定期更換牙刷，也有助於降低感染風險。
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